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一、合肥市高新技术企业申请认定程序如下：
1、企业自我评价及申请
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，对照办法第十条规定条件，进行自我评价。认为符合认定条件的，企业可向认定机构提出认定申请。
2、提交下列申请材料
（1）企业税务登记证、营业执照（附件）；
（2）企业内部员工分布状况，其中技术研发人员所占的比例；
（3）高新技术企业认定申请书；
（4）企业研发技术活产品的证明材料、知识产权证书、产品质量检测报告及其他相关材料；
（5）研发活动介绍资料及通过公证、权威的第三方机构证实的企业三个会计年度研究开发费用记录表；
（6）资质较深的中介审核通过的企业三个会计年度财务报表以及技术性收入的情况表。

二、合肥市高新技术企业认定需要多长时间？
一般来说,我们进行高新科技企业认证所需要花费的时间主要分为三种,一是前期的准备周期,二是认证申报时间,三是审核时间。
高企认证时间:
国内高新企业认证耗时：根据国家科技部的办法，认定的流程是75个工作日。
部分地区的工作量大时间紧，在工作的程序上内部进行了压缩，现在是48个工作日。
目前是采用的新管理办法与以往管理办法在高新企业认定条件，后续管理等方面在公示时间方面，由之前的15个工作日缩短为10个工作日，提高了工作效率。从2015年的申报来看，评审进度较以往年度有了大幅的提高，4月第一批认定的企业7月就公示，11月初就拿到证书，这是近几年来最快的一年。
高新企业认证的有效期:
高新技术企业资格自颁发证书之日起生效，有效期为三年。也就是说高新技术企业认定的有效期是三年。
有效期后先不必进行高新技术企业认定，可以先进行复审，高新技术企业认定工作指引明确规定，在高新技术企业资格期满前三个月内企业应提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的,其高新技术企业资格到期自动失效。

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